Un cifrario di Vigenere molto più sicuro dell'originale è quello che usa una tavola disordinata nel senso che invece di usare alfabeti ordinati, usa alfabeti in ordine casuale. In sostanza invece di ridursi a N cifrari di Cesare (dove N è la lunghezza del verme) ci si riduce a N cifrari monoalfabetici. La crittanalisi statistica diventa molto più difficile anche se non impossibile,
In questo caso la segretezza si basa non solo sulla chiave (verme) ma anche sulla tavola, che va custodita con la massima attenzione; se questa cade nelle mani del nemico, la sicurezza di questo cifrario è compromessa.
Un cifrario di questo tipo fu usato durante la II guerra mondiale dagli agenti dello Special Operations Executive (SOE) uno speciale reparto dei servizi segreti britannici, creato da Winston Churchill nel 1940 con il compito di compiere operazioni di sabotaggio, sovversione e supporto ai gruppi della resistenza nell'Europa occupata dai nazisti. "E ora incendiate l'Europa" fu l'incitamento iniziale di Churchill al SOE.
La tavola era scritta su fazzoletti di seta, mentre le frequenze radio ed eventuali chiavi e disposizioni transitorie erano scritte su carta di riso. L'agente che fosse stato catturato dal nemico, doveva immediatemente incendiare il fazzoletto (la seta brucia molto rapidamente), oppure ... fare un sol boccone della carta di riso.
La tavola a destra può essere modificata in diversi modi agendo sui menu in alto; come partenza si può usare la tavola di Vigenere classica, o una tavola caotica; si possono poi scambiare righe e colonne fino a ottenere una tavola disordinata.
Cifratura e decifratura avvengono come per il cifrario di Vigenere classico.